Preview

Бюллетень сибирской медицины

Расширенный поиск

Аберрации числа копий в геноме опухоли молочной железы люминального подтипа B

https://doi.org/10.20538/1682-0363-2020-3-22-28

Полный текст:

Аннотация

Цель. Описание ландшафта Copy Number Aberration (CNA) опухоли молочной железы люминального подтипа B до лечения.

Материалы и методы. В исследование включены 100 больных раком молочной железы (РМЖ) люминального подтипа B, для которых проведен забор биопсийного материала опухоли до проведения неоадъювантной химиотерапии (НХТ). ДНК из опухоли исследована при помощи микроматрицы CytoScan HD Array (Affymetrix, США). Полученные микроматричные данные соотнесены с эффективностью НХТ. 

Результаты. Показано, что наибольшая частота амплификаций (более чем у 65% больных) наблюдается в следующих локусах: 1q32.1-32.3, 1q41-42.2, 8q24.21. Наибольшая частота делеций (более чем у 60% больных) была обнаружена в локусах 16q21, 16q22.1, 16q23.1-24.1, 17p13.1, 17p12. Трисомия чаще всего наблюдалась в 7-, 8-, 12- и 17-й хромосомах, моносомия – в 3-, 4-, 9-, 11-, 18-й и Х-хромосомах. Ландшафт CNA опухоли молочной железы люминального подтипа В отличается от трижды негативного РМЖ. Наибольшая разница частоты встречаемости амплификаций между больными с объективным ответом на НХТ и больными с отсутствием ответа на НХТ показана в 1q24.2-42.2 локусах (46%), а наибольшая разница частоты встречаемости делеций (более 30%) – между группами в регионах 6q16.3, 11p15.4, 11q23.1, 16q22.2-22.3. Данные локусы могут быть рассмотрены в качестве потенциальных предиктивных  маркеров.

Заключение. Установлены локусы с наибольшей частотой амплификаций и делеций для рака молочной железы люминального подтипа В. Идентифицированы потенциальные предиктивные маркеры для данного молекулярного подтипа.

Об авторах

М. К. Ибрагимова
Научно-исследовательский институт (НИИ) онкологии, Томский национальный исследовательский медицинский центр (НИМЦ) Российской академии наук
Россия

мл. науч. сотрудник, лаборатория онковирусологии

Россия, 634009, г. Томск, пер. Кооперативный, 5



М. М. Цыганов
Научно-исследовательский институт (НИИ) онкологии, Томский национальный исследовательский медицинский центр (НИМЦ) Российской академии наук
Россия

канд. биол. наук, ст. науч. сотрудник, лаборатория онковирусологии 

Россия, 634009, г. Томск, пер. Кооперативный, 5



Е. М. Слонимская
Санкт-Петербургский государственный университет (СПбГУ)
Россия

д-р мед. наук, профессор, кафедра онкологии

Россия, 199034, г. Санкт-Петербург, Университетская набережная, 7/9 



Н. В. Литвяков
Научно-исследовательский институт (НИИ) онкологии, Томский национальный исследовательский медицинский центр (НИМЦ) Российской академии наук
Россия

д-р биол. наук, зав. лабораторией онковирусологии

Россия, 634009, г. Томск, пер. Кооперативный, 5



Список литературы

1. Garraway L.A., Lander E.S. Lessons from the cancer genome. Cell. 2013; 153 (1): 17–37. DOI: 10.1016/j.cell.2013.03.002.

2. Abbas T., Keaton M.A., Dutta A. Genomic instability in cancer. Cold Spring Harb. Perspect. Biol. 2013; 5 (3): a012914. DOI: 10.1101/cshperspect.a012914.

3. Xu Y., Duan Mu H., Chang Z., Zhang S., Li Z., Li Z., Liu Y., Li K., Qiu F., Li X. The application of gene co-expression network reconstruction based on CNVs and gene expression microarray data in breast cancer. Molecular Biology Reports. 2012; 39 (2): 1627–1637. DOI: 10.1007/s11033-011-0902-3.

4. Kaveh F., Baumbusch L.O., Nebdal D., Borresen-Dale A.-L., Lingjærde O.C., Edvardsen H., Kristensen V.N., Solvang H.K. A systematic comparison of copy number alterations in four types of female cancer. BMC Cancer. 2016; 16 (1): 913. DOI: 10.1186/s12885-016-2899-4.

5. Iddawela M., Rueda O., Eremin J., Eremin O., Cowley J., Earl H.M., Caldas C. Integrative analysis of copy number and gene expression in breast cancer using formalin-fixed paraffin-embedded core biopsy tissue: a feasibility study. BMC Genomics. 2017; 18 (1): 526. DOI: 10.1186/s12864-017-3867-3.

6. Grade M., Difilippantonio M.J., Camps J. Patterns of chromosomal aberrations in solid tumors. Chromosomal Instability in Cancer Cells. 2015; 200: 115–142. DOI: 10.1007/978-3-319-20291-4_6.

7. Goh J.Y., Feng M., Wang W., Oguz G., Yatim S.M.J.M., Lee P.L.,Bao Y., Lim T.H., Wang P., Tam W.L., Kodahl A.R., Lyng M.B., Sarma S., Lin S.Y., Lezhava A., Yap Y.S., Lim A.S.T., Hoon D.S.B., Ditzel H.J., Lee S.C., Tan E.Y., Yu Q. Chromosome 1q21.3 amplification is a trackable biomarker and actionable target for breast cancer recurrence. Nature Medicine. 2017; 23: 1319–1330. DOI: 10.1038/nm.4405.

8. Gao R., Davis A., McDonald T.O., Sei E., Shi X., Wang Y., Tsai P.-C., Casasent A., Waters J., Zhang H., Meric-Bernstam F., Michor F., Navin N.E. Punctuated copy number evolution and clonal stasis in triple-negative breast cancer. Nature Genetics. 2016; 48: 1119–1130. DOI: 10.1038/ng.3641.

9. Burstein M.D., Tsimelzon A., Poage G.M., Covington K.R., Contreras A., Fuqua S.A.W., Savage M.I., Osborne C.K., Hilsenbeck S.G., Chang J.C., Mills G.B., Lau C.C., Brown P.H. Comprehensive genomic analysis identifies novel subtypes and targets of triple-negative breast cancer. Clinical Cancer Research. 2015; 21 (7): 1688–1699. DOI: 10.1158/1078-0432.CCR-14-0432.

10. Казанцева П.В., Цыганов М.М., Слонимская Е.М., Литвяков Н.В., Чердынцева Н.В., Ибрагимова М.К., Дорошенко А.В., Тарабановская Н.А., Паталяк С.В. Молекулярно-генетические маркеры эффективности неоадъювантной химиотерапии с применением антрациклинов у больных раком молочной железы. Сибирский онкологический журнал. 2016; 15 (2): 29–35. DOI: 10.21294/1814-4861-2016-15-2-29-35.


Для цитирования:


Ибрагимова М.К., Цыганов М.М., Слонимская Е.М., Литвяков Н.В. Аберрации числа копий в геноме опухоли молочной железы люминального подтипа B. Бюллетень сибирской медицины. 2020;19(3):22-28. https://doi.org/10.20538/1682-0363-2020-3-22-28

For citation:


Ibragimova M.K., Tsyganov M.M., Slonimskaya E.M., Litviakov N.V. Aberrations of the number of copies (CNA) in the genome of luminal B breast tumor. Bulletin of Siberian Medicine. 2020;19(3):22-28. https://doi.org/10.20538/1682-0363-2020-3-22-28

Просмотров: 61


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 1682-0363 (Print)
ISSN 1819-3684 (Online)