Preview

Бюллетень сибирской медицины

Расширенный поиск

Особенности функциональной аннотации генов предрасположенности к ревматоидному артриту при использовании Cytoscape

https://doi.org/10.20538/1682-0363-2020-3-101-104

Полный текст:

Аннотация

Цель. Оценить функциональную аннотацию генов, ассоциированных с ревматоидным артритом, при разных параметрах инструмента ClueGO Cytoscape.

Материалы и методы. Гены предрасположенности к ревматоидному артриту были извлечены из публичной базы данных GWAS (каталог ассоциаций однонуклеотидных полиморфизмов с заболеваниями). Генная онтология (Gene Ontology, GO) – функциональная аннотация генов была произведена с помощью алгоритма, реализованного в Cytoscape ClueGO.

Результаты. Рассмотрены особенности выполнения функциональной аннотации с помощью плагина ClueGO при разных условиях формирования функциональных групп. В зависимости  от исходных параметров, задаваемых в плагине, группировка терминов согласно генной  онтологии осуществляется с различной долей обобщения. Меньшее минимальное число  генов в группе позволяет сформировать большее число групп, что дает возможность получить более детальную функциональную характеристику.

Заключение. Полученные варианты результатов функциональной аннотации могут быть востребованы для дальнейших исследований генетических механизмов ревматоидного артрита.

Об авторе

Н. Ю. Часовских
Сибирский государственный медицинский университет (СибГМУ)
Россия

д-р мед. наук, профессор, кафедра медицинской и биологической кибернетики

Россия, 634050, г. Томск, Московский тракт, 2



Список литературы

1. Blake A., Christie K.R., Dolan M.E. Gene Ontology Consortium: going forward. Nucleic Acids Research. 2015; 43 (1): 1049–1056. DOI: 10.1093/nar/gku1179.

2. Ashburner M., Ball C., Blake J., Botstein D., Butler H., Cherry J.M., Davis A.P., Dolinski K., Dwight S.S., Eppig J.T., Harris M.A., Hill D.P., Issel-Tarver L., Kasarskis A., Lewis S., Matese J.C., Richardson J.E., Ringwald M., Rubin G.M., Sherlock G. Gene ontology: tool for the unification of biology. The Gene Ontology Consortium. Nat. Genet. 2000; 25 (1): 25–29. DOI: 10.1093/nar/gku1179.

3. Bindea G., Mlecnik B., Hackl H., Charoentong P., Tosolini M., Kirilovsky A., Fridman W.H., Pagès F., Trajanoski Z., Galon J. ClueGO: a Cytoscape plug-into decipher functionally grouped gene ontology and pathway annotation networks. Bioinformatics. 2009; 25 (8): 1091–1093. DOI: 10.1093/bioinformatics/btp101.

4. Hindorff L.A., Sethupathy P., Junkins H.A., Ramos E.M., Mehta J.P., Collins F.S., Manolio T.A. Potential etiologic and functional implications of genome-wide association loci for human diseases and traits. PNAS. 2009; 106 (23): 9362–9367. DOI: 10.1073/pnas.0903103106.

5. Welter D., MacArthur J., Morales J., Burdett T., Hall P., Junkins H., Klemm A., Flicek P., Manolio T., Hindorff L., Parkinson H. The NHGRI GWAS Catalog, a curated resource of SNP-trait associations. Nucleic Acids Research. 2014; 42 (1): 1001–1006. DOI: 10.1093/nar/gkt1229.

6. A catalog of published genome-wide association studies. URL: http://www.genome.gov/gwastudies/

7. Benjamini Y., Hochberg Y. Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing. J. R. Statist. Soc. B. 1995; 57 (1): 289–300. DOI: 10.2307/2346101.

8. Удачкина Е.В., Новикова Д.С., Попкова Т.В., Насонов Е.Л. Роль интерлейкина 6 в развитии атеросклероза при ревматоидном артрите. Современная ревматология. 2013; 7 (3): 25–32.

9. Tanaka T., Narazaki M., Kishimoto T. IL-6 in inflammation, immunity, and disease. Cold Spring Harb. Perspect. Biol. 2014; 6 (10): a016295. DOI: 10.1101/cshperspect.a016295.

10. Ross S.H., Cantrell D.A. Signaling and function of interleukin-2 in T lymphocytes. Annu. Rev. Immunol. 2018; (36): 411–433. DOI: 10.1146/annurev-immunol-042617-053352.

11. Новиков А.А., Александрова Е.Н., Диатроптова М.А., Насонов Е.Л. Роль цитокинов в патогенезе ревматоидного артрита. Научно-практическая ревматология. 2010; 48 (2): 71–82.

12. Vignali D.A., Kuchroo V.K. IL-12 family cytokines: immunological playmakers. Nat. Immunol. 2012; 13 (8): 722–728. DOI: 10.1038/ni.2366.


Для цитирования:


Часовских Н.Ю. Особенности функциональной аннотации генов предрасположенности к ревматоидному артриту при использовании Cytoscape. Бюллетень сибирской медицины. 2020;19(3):101-104. https://doi.org/10.20538/1682-0363-2020-3-101-104

For citation:


Chasovskikh N.Yu. Features of functional annotation of rheumatoid arthritis susceptibility genes by Cytoscape. Bulletin of Siberian Medicine. 2020;19(3):101-104. https://doi.org/10.20538/1682-0363-2020-3-101-104

Просмотров: 107


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 1682-0363 (Print)
ISSN 1819-3684 (Online)