Preview

Бюллетень сибирской медицины

Расширенный поиск

НОВЫЕ ГЕНЫ-КАНДИДАТЫ ПОДВЕРЖЕННОСТИ ТУБЕРКУЛЕЗУ, УСТАНОВЛЕННЫЕ С ПОМОЩЬЮ ПОСТРОЕНИЯ И АНАЛИЗА АССОЦИАТИВНЫХ СЕТЕЙ

https://doi.org/10.20538/1682-0363-2015-6-33-39

Полный текст:

Аннотация

Туберкулез (ТБ) является распространенным заболеванием, развитие которого вызвано инфекцией Mycobacterium tuberculosis при модифицирующем влиянии наследственных и средовых факторов. Накопленные к настоящему времени геномные данные способствуют пониманию наследственных основ развития заболевания с использованием новых методологических подходов, в том числе анализа ассоциативных сетей. В настоящем исследовании выполнены реконструкция и анализ ассоциативной сети, представляющей собой молекулярно-генетические взаимосвязи между белками и генами, участвующими в развитии ТБ. Преимущественно в ассоциативной сети находятся хорошо изученные белки и гены, способные оказывать решающее значение в повышении эффективности иммунного ответа организ-ма человека против патогена. Однако, благодаря данному подходу, выявлено 12 новых генов, кодирующих соответствующие белки в ассоциативной сети, полиморфизм которых не изучен в связи с развитием ТБ.

Об авторах

Е. Ю. Брагина
ФГБНУ «НИИ медицинской генетики», г. Томск
Россия
канд. биол. наук, науч. сотрудник лаборатории популяционной генетики НИИ медицинской генетики (г. Томск)  тел. 8 (3822) 51-31-46


А. А. Рудко
ФГБНУ «НИИ медицинской генетики», г. Томск
Россия
канд. мед. наук, гл. врач клиники НИИ медицинской генетики (г. Томск)


Е. С. Тийс
ФГБНУ «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики СО РАН», г. Новосибирск
Россия

мл. науч. сотрудник лаборатории компьютерной протеомики, Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики СО РАН (г. Новосибирск)



В. А. Иванисенко
ФГБНУ «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики СО РАН», г. Новосибирск
Россия

канд. биол. наук, зав. лабораторией компьютерной протеомики, Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики СО РАН (г. Новосибирск)



М. Б. Фрейдин
ФГБНУ «НИИ медицинской генетики», г. Томск
Россия
д-р биол. наук, ст. науч. сотрудник лаборатории популяционной генетики НИИ медицинской генетики (г. Томск)


Список литературы

1. Meyer C.G., Thye T. Host genetic studies in adult pulmonary tuberculosis // Semin. Immunol. 2014. V. 26, № 6. P. 445–453. doi: 10.1016/j.smim.2014.09.005.

2. Barabбsi A.L., Gulbahce N., Loscalzo J. Network medicine: a network-based approach to human disease // Nat. Rev. Genet. 2011. V. 12, № 1. P. 56–68. doi: 10.1038/nrg2918.

3. Pujana M.A., Han J.D., Starita L.M. et al. Network modeling links breast cancer susceptibility and centrosome dysfunction // Nat. Genet. 2007. V. 39, № 11. P. 1338–1349.

4. Lim J., Hao T., Shaw C. et al. A protein-protein interaction network for human inherited ataxias and disorders of Purkinje cell degeneration // Cell. 2006. V. 125, № 4. P. 801–814.

5. Ivanisenko V .A., Saik O.V., Ivanisenko N.V. et al. ANDSystem: an Associative Network Discovery System for automated literature mining in the field of biology // BMC Syst. Biol. 2015. V. 9. Suppl 2:S2. doi: 10.1186/1752-0509-9-S2-S2.

6. Gloria-Bottini F., Ronchetti F., Ammendola L., Bottini N. Adenosine deaminase polymorphism and the relationship of total immunoglobulin E with skin prick test: a study on school children // Allergy Asthma Proc. 2006. V. 27, № 2. P. 115–118.

7. Bottini N., Gloria-Bottini F., Borgiani P., Antonacci E., Lucarelli P., Bottini E. Type 2 diabetes and the genetics of signal transduction: a study of interaction between adenosine deaminase and acid phosphatase locus 1 polymorphisms // Metabolism. 2004. V. 53, № 8. P. 995–1001.

8. Reddy M.V., Wang H., Liu S. et al. Association between type 1 diabetes and GWAS SNPs in the southeast US Caucasian population // Genes Immun. 2011. V. 12, № 3. P. 208–212. doi: 10.1038/gene.2010.70.

9. Sharma S., Poon A., Himes BE. et al. Association of variants in innate immune genes with asthma and eczema // Pediatr. Allergy Immunol. 2012. V. 23, № 4. P. 315–323. doi: 10.1111/j.1399-3038.2011.01243.x.

10. Saito T., Ji G., Shinzawa H. et al. Genetic variations in humans associated with differences in the course of hepatitis C // Biochem. Biophys. Res. Commun. 2004. V. 317, № 2. P. 335–341.

11. Williams K.A., Terry K.L., Tworoger S.S., Vitonis A.F., Titus L.J., Cramer D.W. Polymorphisms of MUC16 (CA125) and MUC1 (CA15.3) in relation to ovarian cancer risk and survival // PLoS One. 2014. V. 9, № 2P. e88334. doi: 10.1371/journal.pone.0088334.

12. Mira M.T., Alcaпs A., Nguyen V.T. et al. Susceptibility to leprosy is associated with PARK2 and PACRG // Nature. V. 427, № 6975. P. 636–640.

13. Hudson B.I., Stickland M.H., Futers T.S., Grant P.J. Effects of novel polymorphisms in the RAGE gene on transcriptional regulation and their association with diabetic retinopathy // Diabetes. 2001. V. 50, № 6. P. 1505–1511.

14. Hennig B .J., Velez-Edwards D .R., Schim van der Loeff M.F., Bisseye C., Edwards T.L. CD4 intragenic SNPs associate with HIV-2 plasma viral load and CD4 count in a community-based study from Guinea-Bissau, West Africa // J. Acquir. Immune Defic. Syndr. 2011. V. 56, № 1. P. 1–8. doi: 10.1097/QAI.0b013e3181f638ed.

15. Pineda B., Serna E., Laguna-Fernбndez A. et al. Gene expression profile induced by ovariectomy in bone marrow of mice: a functional approach to identify new candidate genes associated to osteoporosis risk in women // Bone. 2014. V. 65. P. 33–41. doi: 10.1016/j.bone.2014.05.001.

16. Chiocchetti A., Orilieri E., Cappellano G. et al. The osteopontin gene +1239A/C single nucleotide polymorphism is associated with type 1 diabetes mellitus in the Italian population // Int. J. Immunopathol. Pharmacol. 2010. V. 23, № 1. P. 263–269.

17. Hessmann M., Rausch A., Rьckerl D. et al. DAP10 contributes to CD8(+) T cell-mediated cytotoxic effector mechanisms during Mycobacterium tuberculosis infection // Immunobiology. 2011. V. 2 16, № 5 . P. 6 39–647. doi: 10.1016/j.imbio.2010.09.010.

18. Balasaniants GS., Titarenko OT., D'iakova MN. Diagnostic and prognostic significance of adenosine deaminase in acutely progressive pulmonary tuberculosis // Probl.Tuberk. 2001. V. 8. P. 46–49.

19. Cernat R.I., Mihaescu T., Vornicu M., Vione D., Olariu R.I., Arsene C. Serum trace metal and ceruloplasmin variability in individuals treated for pulmonary tuberculosis // Int. J. Tuberc. Lung. Dis. 2011. V. 15, № 9. P. 1239–1245. doi: 10.5588/ijtld.10.0445.

20. Zhao N., Xiao J., Zheng Z. et al. Single-nucleotide polymorphisms and haplotypes of non-coding area in the CP gene are correlated with Parkinson's disease // Neurosci. Bull. 2015. V. 31, № 2. P. 245–256. doi: 10.1007/s12264-014-1512-6.

21. Непша О.С. Молекулярно-генетическое исследование местного иммунитета при вагинитах: автореф. дис. … канд. биол. наук. М., 2012. 26 c.

22. Montoya C.J., Cataсo J.C., Ramirez Z., Rugeles M.T., Wilson S.B., Landay A.L. Invariant NKT cells from HIV-1 or Mycobacterium tuberculosis-infected patients express an activated phenotype // Clin. Immunol. 2008. V. 127, № 1. P. 1–6. doi: 10.1016/j.clim.2007.12.006.

23. Barrett J.C., Clayton D.G., Concannon P. et al. Type 1 Diabetes Genetics Consortium. Genome-wide association study and meta-analysis find that over 40 loci affect risk of type 1 diabetes // Nat. Genet. 2009. V. 41, № 6. P. 703–707. doi: 10.1038/ng.381.

24. Hudson B.I., Stickland M.H., Futers T.S., Grant P.J. Effects of novel polymorphisms in the RAGE gene on transcriptional regulation and their association with diabetic retinopathy // Diabetes. 2001. V. 50, № 6. P. 1505–1511.

25. Yang S., Wang H., Yang Y. et al. Association study of AGER gene polymorphism and hypertension in Han Chinese population // Gene. 2012. V. 498, № 2. P. 311–316. doi: 10.1016/j.gene.2012.01.080.

26. Beucher J., Boлlle P.Y., Busson P.F., Muselet-Charlier C., Clement A., Corvol H. French C F Modifier Gene Study Investigators. AGER -429T/C is associated with an increased lung disease severity in cystic fibrosis // PLoS One. 2012. V. 7, № 7. P. e41913.

27. Arce-Mendoza A., Rodriguez-de Ita J., Salinas-Carmona M.C., Rosas-Taraco A.G. Expression of CD64, CD206, and RAGE in adherent cells of diabetic patients infected with Mycobacterium tuberculosis // Arch. Med. Res. 2008. V.39, №3. P.30 6–311. doi: 10.1016/j.arcmed.2007.11.013.

28. Amer G.A., El-Gazzar A.G. Circulating interleukin-18 and osteopontin in pulmonary tuberculosis patients and their correlation with disease activity // Egyptian J. of Med. Microbiology. 2008. V. 17. P. 405–410.

29. Wang J.P. Rought S.E., Corbeil J., Guiney D.G. Gene expression profiling detects patterns of human macrophage responses following Mycobacterium tuberculosis infection // FEMS Immunol. Med.Microbiol. 2003. V. 39. P. 163–172.

30. Saunders B.M., Frank A.A., Orme I.M., Cooper A.M. CD4 is required for the development of a protective granulomatous response to pulmonary tuberculosis // Cell Immunol. 2002. V. 216, № 1–2. P. 65–72.

31. Mizusawa M., Kawamura M., Takamori M. et al. Increased synthesis of anti-tuberculous glycolipid immunoglobulin G (IgG) and IgA with cavity formation in patients with pulmonary tuberculosis // Clin. Vaccine Immunol. 2008. V. 15, № 3. P. 544–548. doi: 10.1128/CVI.00355-07.

32. Temchura O .V., Seniukov V .V., Pronkina N .V., Romanov V.V., Petrenko T.I., Kozhevnikov V.S. An association of the reduction in the count of T1 cells in the peripheral blood of patients with pulmonary tuberculosis with the lower monocytic expression of costimulatory CD80 molecules // ProblTuberkBoleznLegk. 2007. № 2. P. 25–28.

33. Fortъn J., Martнn-Dбvila P., Mйndez R. et al. Ca-125: a useful marker to distinguish pulmonary tuberculosis from other pulmonary infections // Open Respir. Med. J. 2009. V. 3. P. 123–127. doi: 10.2174/1874306400903010123.


Для цитирования:


Брагина Е.Ю., Рудко А.А., Тийс Е.С., Иванисенко В.А., Фрейдин М.Б. НОВЫЕ ГЕНЫ-КАНДИДАТЫ ПОДВЕРЖЕННОСТИ ТУБЕРКУЛЕЗУ, УСТАНОВЛЕННЫЕ С ПОМОЩЬЮ ПОСТРОЕНИЯ И АНАЛИЗА АССОЦИАТИВНЫХ СЕТЕЙ. Бюллетень сибирской медицины. 2015;14(6):33-39. https://doi.org/10.20538/1682-0363-2015-6-33-39

For citation:


Bragina Y.Y., Rudko A.A., Tiys Y.S., Ivanisenko V.A., Freidin M.B. NEW CANDIDATE GENES FOR SUSCEPTIBILITY TO TUBERCULOSIS IDENTIFIED THROUGH THE CONSTRUCTION AND ANALYSIS OF ASSOCIATIVE NETWORKS. Bulletin of Siberian Medicine. 2015;14(6):33-39. (In Russ.) https://doi.org/10.20538/1682-0363-2015-6-33-39

Просмотров: 418


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 1682-0363 (Print)
ISSN 1819-3684 (Online)